九江学院医学院基础医学部始建于1962年，是医学院最早成立的系部，历经40多年风风雨雨，已发展成为融教学、科研、人才培养和学生管理等功能为一体的综合性管理部门。现有6个教研室，即人体解剖学与组织胚胎学教研室、生理学与病理生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、病原生物学与免疫学教研室、病理解剖学教研室、药理学教研室。
基础医学部拥有一支结构合理、素质优良的师资队伍，是医学院教学、科研的骨干力量。现有专职教师47人，其中，教授8人，副教授10人，讲师13人；博士1人，硕士7人。在读博士2人，在读硕士19人。江西省高等学校中青年骨干教师2人。 享受江西省政府津贴者1名。
基础医学部目前承担着医学院、护理学院、生命科学院和成人教育学院的临床、护理、口腔、麻醉、中西医结合等专业的本、专科学生和留学生的医学基础课程的教学工作，教学工作量约占全院的三分之一。教学管理规范，教学质量稳步提高。人体解剖与组织胚胎学学科被评为江西省“十一五”重点建设学科，病理学为医学院重点建设学科。生理学课程为九江学院级优质课程。
近三年参加国家自然科学基金资助课题研究4项，主持并完成江西省教学改革和科研课题20余项。在国内公开刊物上发表论文100余篇，其中核心期刊60余篇。在教材建设方面近年来取得长足发展，参编各类教材近30余部，其中主编或副主编国家卫生部规划教材或面向 21 世纪教材等全国性教材 10余部。
作为医学院的一个重要管理部门，始终坚持围绕教学、科研和学生管理等中心任务抓党建，充分发挥党总支的政治核心作用、党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。现有职工党支部2个，有职工党员24人。 学生管理工作规范有序，务实创新，特色突出，校园文化和学生科技活动丰富多彩，学风良好。
