基础医学院的前身是九江学院医学院。九江学院于2008年6月成立医学部，原医学院更名为基础医学院，系九江学院下属的二级学院。基础医学院位于江西省九江市中心，坐落在风景秀丽的甘棠湖畔。
基础医学院的历史可追朔到石美玉女士于1901年创办的九江但福德医院附设护士学校，1951年改名为江西省第三医士学校，1955年成为江西省九江医士学校，1958年在此基础上升格为九江医学高等专科学校，2002年参与组建九江学院。百年办学历史，造就2万余名医、药、护、技、管等各类专业人才。基础医学院现有教职工近100人，其中，正高职称18人，副高职称24人，省级骨干教师7人，博士7人，硕士30人。硕士研究生导师6人。在校生约1800人，其中印度留学生100余人。
基础医学院教学科研机构包括医学实验中心、医学科研中心、医药技术与管理系，下设8个教研室；学科涉及基础医学、药学和预防医学等三个一级学科，人体解剖与组织胚胎学学科为省级重点学科。管理机构有办公室、教学科研管理科、学生科、团委。基础医学院设有5年制临床医学、临床麻醉学、药学、医学检验技术学4个本科专业，以及3年制临床医学、口腔医学、药学、药品经营与管理、医学检验技术、医学影像技术、卫生信息管理、中西医结合等8个专科专业。
基础医学院建立了设施先进的医学科学研究中心（与新医药科学研究所合署），其系统生物学临床应用实验室为江西省高校重点实验室；设有鄱阳湖血吸虫病研究所、庐山药用植物研究所和法医病理鉴定中心等研究组织。医学实验中心下设医学基础实验中心和药学综合实验室。其中，医学基础实验中心为省级医学基础实验教学示范中心，药学综合实验室为中央与地方共建特色和优势实验室；2008年4月通过了教育部本科教学水平评估。
基础医学院积极开展教育、教学改革，近5年先后实施“五年制临床医学教育改革”、“农村社区适用型卫生人才培养模式的研究”（全国教育科学“十一五”规划教育部重点课题）等20多项省部级研究项目，教学改革获省部级成果奖5项。同时，大力开展科学研究工作，近5年承担省部级科研课题40余项。目前正在按九江学院统一部署，组织科研团队积极投入为地方经济建设服务中。如：血吸虫病研究组参与“鄱阳湖生态经济研究中心”工作，生物医药研究组参与“沿江产业开发研究中心”工作。在对外交流合作方面，近10年来，先后派出60余人次分赴美国、加拿大、澳大利亚、泰国等国家和台湾、香港、澳门等地区参加国际学术会议和考察进修访问，与美国耶鲁大学医学院基因研究中心等机构开始了合作研究工作，是国际社区定向医学教育网络组织成员和美国中华医学基金会（CMB）援助学校的重要组成部分。
基础医学院将以科学发展观为指导，在九江学院党委、行政的领导下，继续弘扬“严谨、敬业、求实、创新”的教风和“团结、友爱、勤奋、守纪”的学风，发扬“艰苦创业、开拓进取、爱校如家、敬业奉献”的九医精神，以全新的精神面貌和饱满的工作热情，为创办具有鲜明特色、面向社区、服务地方的综合性大学基础医学院而努力奋斗。
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